Class TopoCifParser.TNode

java.lang.Object
javajs.util.T3
javajs.util.P3
org.jmol.adapter.smarter.Atom
org.jmol.adapter.readers.cif.TopoCifParser.TNode
All Implemented Interfaces:
Serializable, Cloneable, javajs.api.JSONEncodable, TopoCifParser.TPoint
Enclosing class:
TopoCifParser

private class TopoCifParser.TNode extends Atom implements TopoCifParser.TPoint
  • Field Details

    • id

      public String id
    • atomLabel

      public String atomLabel
    • netID

      String netID
    • label

      String label
    • symop

      int symop
    • trans

      javajs.util.P3 trans
    • tatoms

      javajs.util.Lst<TopoCifParser.TAtom> tatoms
    • bsAtoms

      javajs.util.BS bsAtoms
    • linkSymop

      int linkSymop
    • linkTrans

      javajs.util.P3 linkTrans
    • net

    • isFinalized

      private boolean isFinalized
    • idx

      int idx
    • atom

      private Atom atom
    • line

      private String line
    • mf

      private String mf
  • Constructor Details

    • TNode

      TNode()
    • TNode

      TNode(int idx, Atom atom, TopoCifParser.TNet net, int op, javajs.util.P3 trans)
      Constructor from TLink
      Parameters:
      idx -
      atom -
      net -
      op -
      trans -
  • Method Details

    • getMolecularFormula

      public String getMolecularFormula()
    • getNet

      public TopoCifParser.TNet getNet()
      Specified by:
      getNet in interface TopoCifParser.TPoint
    • setNode

      boolean setNode(int[] a, String line)
    • addAtom

      void addAtom(TopoCifParser.TAtom atom)
    • finalizeNode

      void finalizeNode(javajs.util.M4[] ops) throws Exception
      Throws:
      Exception
    • addNode

      private void addNode()
    • setCentroid

      private void setCentroid()
    • info

      public String info()
    • toString

      public String toString()
      Description copied from class: javajs.util.T3
      Returns a string that contains the values of this Tuple3f. The form is (x,y,z).
      Overrides:
      toString in class javajs.util.T3
      Returns:
      the String representation
    • copy

      public TopoCifParser.TNode copy()
    • clone

      public Object clone()
      Overrides:
      clone in class Object